제국교토박물관(帝國京都博物館)은 교토에 전해오는 미술품을 보존할 목적으로 메이지 22년(1889)에 설립되었다. 본관과 정문을 중심으로 한 건축은 궁내성에서 궁전·건축·토지 등을 관리했던 내장료(內匠寮)라는 관청이 담당하였고 메이지 25년(1892)에 착수하여 메이지 28년(1895)에 준공하였다.
본관은 히가시산(東山)을 배경으로 정면에 정원을 끼고 정문이 있으며, 그 앞쪽에는 교토 시내가 보인다. 평면 의장(意匠)은 히가시산에서 날아오르는 봉황을 나타낸다. 중앙 정면과 날개 부분 모서리에 크고 작은 7개의 돔 모양 지붕을 올렸으며 그 밑은 고기물실(古器物室), 고기물실을 연결하는 9개의 날개 복도는 회화실이고 중앙 안쪽에는 기둥을 나란히 세워 조각실을 설치했다.
외관도 공간 구성도 17세기 유럽 궁정 건축의 화려한 바로크 양식을 모방했지만, 형태·색깔·분위기·규모 등 각각에서 일본의 전통을 느낄 수 있으며 교토의 자연과 잘 융화되어 있다.
설계자인 가타야마 도쿠마는 공부대학교(工部大學校, 도쿄대학교 공학부의 전신) 건축학과 제1기생으로, 1877년에 일본으로 건너온 콘더(Josiah conder, 1852~1920) 밑에서 수학했다. 나라국립박물관 본관, 메이지 건축의 기념비라고 할 만한 아카사카이궁(赤坂離宮)도 가타야마의 작품이다.
본관의 건축은 유리 지붕을 통한 채광을 비롯하여 화재와 지진에 견딜 수 있는 견고한 구조, 지형에 적합한 습기 대책 등 미술 박물관 시설로는 그 당시 최고 수준을 자랑한다. 시공 기록을 보면 시공에는 전국의 장인 기술이 결집되었음을 알 수 있다. 120년이 지난 현재도 건축 그 자체가 미술 작품으로서 더욱 빛을 발하고 있다.
이 옛 본관의 메이지시대 설계 도면 다수와 지붕 뼈대 모형, 조각 장식 모형 등이 본관 건물의 부속품으로 건축물과 함께 중요문화재로 지정되었다.